勿論可能です。
ただし、2階建てになると、平屋に比べて必要壁量、耐力壁の配置、床構面、水平力への対応が難しくなります。
そのため、大きな空間を確保したい場合は、平屋の方が計画しやすいです。
また、倉庫内の一部に2階事務所を設ける場合、一般的に建物全体が2階建て扱いになるので事務所棟は別棟にすることをお勧めしています。
この点は、確認申請前に建築士へ確認する必要があります。