条件によりますが、木造の方がコストを抑えられるケースが大半です。
理由としては、木造は鉄骨造に比べて建物重量を抑えやすく、地盤条件によっては基礎工事の負担を軽くできる可能性があるためです。
また、構造材や施工方法によっても、コスト差が出る場合があります。