「ヒノキだから長持ちする」と一括りにはできません。
一般に赤身部分は耐久性が期待できますが、白太部分は赤身と性質が異なります。無節など意匠性を優先すると白太を多く含みます。防腐処理をしていても、常に水が溜まる納まりでは内部が劣化します。

材質だけでなく、通風・排水・水切れまで合わせて設計することが重要です。